כנסיית יוחנן היוונית בעין כרם שייכת לזרם המזרחי בנצרות, הסבר על המקום ועל הקהילה.
הכנסייה היוונית-אורתודוקסית
הכנסייה היוונית-אורתודוקסית של ירושלים זכתה למעמד “אם הכנסיות” כבר במאה הרביעית, בהיותה הממשיכה הישירה של כס יעקב הקדוש (אחי ישוע בברית החדשה) שהיה הבישוף הראשון של ירושלים. במאה החמישית הועלה בישוף ירושלים למעמד של פטריארך. הפטריארך היווני-אורתודוקסי בארץ הקודש אחראי על מדינת ישראל, על שטחי הרשות הפלסטינית, על ירדן ועל חצי האי ערב. הקהילה היוונית-אורתודוקסית היא הגדולה מבין הקהילות הנוצריות בארץ. הסמכות העליונה של הכנסייה היוונית-אורתודוקסית מכונה “הסינוד” (=אספה, מועצה, מיוונית) הכנסייה היוונית-אורתודוקסית מופקדת על המקומות הקדושים ומקיימת נוכחות רצופה בת 1,700 שנים בשתי הכנסיות החשובות ביותר בארץ הקודש: כנסיית הקבר הקדוש בירושלים וכנסיית המולד בבית לחם. הכנסייה מקיימת את תפילותיה על פי הנוסח הביזנטי ביוונית, ומשמרת את לוח השנה היוליאני, הבישופים ממוצא יווני. גם נזירים רבים הם יוונים ואילו רוב כוהני הדת הקהילתיים הם ערבים. יש מאמינים המדגישים את היותם ערבים-אורתודוקסים ולא יוונים-אורתודוקסים. באמצע המאה ה-20 החלה הכנסייה היוונית-אורתודוקסית לערוך בקהילות מקומיות רבות את התפילה בערבית לטובת מאמינים שאינם מבינים יוונית. הפטריארכיה מנהלת רשת של בתי ספר במקומות שונים בארץ.